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針對超級細菌NDM-1入侵台灣後，如何做感染控制才好，台大醫院小兒部感染科醫師呂俊毅在受訪時指出，此菌株可能存活幾個月到幾年，甚至一輩子，個案不可能一直留院觀察，衛生單位要注意的是院內感染控制。另外，長庚醫院感染科主任黃景泰則主張，可先居家隔離，並視情形調整公衛措施，民眾也要養成勤洗手的習慣。
針對是否需要隔離的問題，衛生署長楊志良今天在立法院答詢時表示，超級細菌不同於新流感，把帶原者隔離在醫院內，反而不利院內感染控制（因醫院多為抵抗力低、且使用抗生素病患），個案回到家中只要做好個人衛生，就不會有問題，而超級細菌是經由傷口感染，並非飛沫傳染，要有不一樣的處置方式。
針對前疾管局長、成大醫院副院長蘇益仁批評，即使帶菌者沒有腹瀉或傷口感染等症狀，也應該先投藥，把腸道內的抗藥性NDM-1細菌都清除才能出院，否則其排泄物大量排出細菌，抗藥性基因再傳給本土細菌後，如再感染到其他人，將增加防疫困難。
呂俊毅表示，「腸道內本來就有很多腸內菌，無症狀帶原情形，可能會維持幾個月、幾年，甚至一輩子。」個案不可能長期留院觀察，一般講話和握手等不會傳染，即使家人被傳染的機率也不是很大。
